關于再生資源經濟的微觀基礎和運行機制，為避免發生歧義，這里進行界定，主要指再生資源經濟中資源配置方式的變化、微觀主體的塑造、微觀主體之間的經濟關系和利益互動、經濟組織形態、經濟行為方式和經濟活動規則（制度）的變化。由于鮮明的生態化導向，它與整個經濟系統純粹的價值循環過程中的微觀基礎是不同的；由于固有的經濟利益訴求，它與生態系統的物質（能量）循環中的微觀基礎不同。另外，也與再生資源經濟系統中層次上的微觀循環不同。這種微觀循環是物理意義上的劃分，是技術層面的課題。再生資源經濟的經濟邏輯在微觀領域如何體現，這是當前經濟學理論研究的事情。

再生資源經濟的理論是對經濟運行調節時間和方式的變革，即強調事前調節和事后調節的統一，這種變革的關鍵在于找到其微觀基礎和經濟邏輯。可以從三個方面來進行：一是對再生資源經濟的產業模式和經濟形態的界定；二是探討經濟調節方式的實現形式；三是對再生資源經濟中微觀主體（包括個體和組織）的經濟行為、經濟關系進行研究。從經濟循環到再生資源經濟，不是簡單地理解為經濟活動的形態發生轉變，根本性的應是經濟運行機制的轉換，而經濟運行機制的轉換是以微觀經濟主體行為（包括約束條件、決策目標、均衡狀態）的變化、微觀基礎（經濟主體之間的利益關系調整、經濟組織形態的變化）、經濟運行條件（經濟體制、產權、非正式規則）、產業技術支撐等為條件，實現經濟系統調節方式的創新、治理機制的演化，從而形成更具資源生產率的經濟體系。這些將構成經濟增長方式轉變的基礎和關鍵。